Il pene è un organo di forma cilindrica composto da una porzione più nascosta chiamata radice, compresa nel perineo, e da una porzione più esterna che viene detta corpo. Il corpo si restringe verso l'estremità in una zona che prende il nome di collo del pene. Il glande è invece la parte terminale più slargata, ha forma di cappuccio posto sul collo del pene e con l'apice in alto ,alla cui sommità si apre il meato uretrale esterno attraverso cui fuoriescono urina e sperma . Il prepuzio è una piega cutanea che ricopre per la massima parte il glande.

Il pene è costituito principalmente dai corpi cavernosi (organi erettili),rivestiti e fasciati da involucri connettivali fasciali e dalla cute.
Il corpo è costituito dai due corpi cavernosi, paralleli tra loro e posti nella fascia dorsale (lato superiore) del pene, e dal corpo spongioso posto nella fascia ventrale (lato inferiore). Queste tre strutture sono avvolte da tessuto connettivo. Nei corpi cavernosi passano le arterie cavernose, mentre nel corpo spongioso passa l'uretra.
I corpi cavernosi internamente sono formati da un labirinto di trabecole di collagene, elastina e muscolatura liscia che conferiscono loro un aspetto simile a quello di una spugna; al loro interno sono accolti numerosi capillari e piccoli nervi. Durante l'erezione gli spazi cavernosi si riempiono di sangue.

Figure: elementi anatomici principali del pene. Dail siti "comodo.it"" andrologia.it"

La tunica albuginea è una struttura costituita da fasci di fibre collagene disposti a formare sia uno strato interno, circolare, sottile, che circonda e si addentra nel tessuto cavernoso, sia uno strato esterno, longitudinale, incompleto, che si assottiglia notevolmente a livello ventrale, a ridosso della spongiosa uretrale. Diversamente dai corpi cavernosi, il corpo spongioso è rivestito solo da una sottile fascia, che ricopre il tessuto sinusoidale, costituita da fibre elastiche e cellule muscolari lisce. Le tonache albuginee dei corpi cavernosi e del corpo spongioso differiscono per composizione, infatti quella che ricopre il secondo è più sottile, biancastra ed elastica rispetto a quella che ricopre i primi, è inoltre più ricca di cellule muscolari lisce.

Questa differenza fra albuginea dei corpi cavernosi e fascia del corpo spongioso è finalizzata, sia a limitare la rigidità peniena in erezione, che a permettere la pervietà del lume uretrale durante l'eiaculazione.

Le arterie che irrorano il pene sono l'arteria perineale, l'arteria del bulbo del pene, l'arteria profonda del pene (cavernosa) e l'arteria dorsale del pene.
Le vene del pene sono principalmente la vena dorsale superficiale e la vena dorsale profonda del pene L'innervazione dei corpi cavernosi deriva dai nervi cavernosi, rami del plesso pelvico contenenti sia fibre simpatiche sia parasimpatiche, che decorrono postero-lateralmente alla prostata, perforano la guaina fibrosa del pene e si distribuiscono a ciascun corpo cavernoso e all'uretra peniena.

La cute che ricopre il pene è sottile e pigmentata, mobile ed espandibile per favorire l'erezione; nella parte distale dell'asta, si ripiega su se stessa a formare il prepuzio, poi continua sotto forma di una lamina sottilissima e aderente che ricopre il glande.